Игорь Всеволодович Чаквин работал над сложнейшими теоретическими проблемами этнологии: этногенез и этническая история белорусов и других славянских народов, соседних с ними этносов и этнических групп, культура белорусского народа эпохи Средневековья и Нового времени, антропология древнейшего и современного населения Беларуси.